FTPクライアントとしてサーバに接続するフォルダを作成することができます。
新規から「FTP」を選択してください。

接続先などを入力する画面が表示されるので、必要な項目を入力し、ログインしてください。

緑色のアイコンがFTPクライアントのフォルダとなります。

i文庫HDにダウンロードされていないファイルはアイコンが半透明・ファイル名の下にvirtualと書かれています。
ダウンロードしたいファイルをタップするとダウンロードが開始され、
完了するとファイルの情報が表示され、読んだり本棚に登録したりすることができるようになります。

また、ダウンロード済みのファイルはアイコンが半透明でなくなり、virtualの表記も無くなります。
ダウンロード済みのファイルはタップすればそのまま読むことが出来ます。

ファイルの編集・削除はダウンロードしたファイルに対してのみ行います。
i文庫HD上でファイルを削除してもサーバ側のファイルは削除されません。

その他、使用方法はDropboxの場合と同じです。
Dropboxの解説ページも参考にしてみて下さい。