PCにiPadをUSBで接続し、iTunesを使用してファイルを転送する方法です。

iTunesのデバイス-iPad→アプリタブの下部ファイル共有よりiBunkoHDを選んで下さい。
転送したいファイルをドラッグ＆ドロップするか「追加」ボタンをクリックしてファイルを選択して下さい。
追加するとiPadとの同期が自動で行われ、
i文庫HDの「フォルダ」画面のルートフォルダに追加されます。

ファイルを削除する場合は該当のファイルを選択した状態でDeleteキーを押して下さい。
i文庫HDの「フォルダ」画面からも削除できます。

ファイル共有機能については、アップルのサポートページも参考にしてください。
iPad：ファイル共有について