スキャナを用いてJPGやPDFデータを作る際の解像度は 200dpi 〜 300dpi をお勧めします。
読み取りの解像度を上げると、大きく拡大しても表示がぼけないなどの恩恵がありますが、1ページごとのサイズが大きくなり、処理に時間がかかってしまいます。
iPadの性能にも限界がありますので、画質とのバランスを取ってファイルを作成してください。

画像では富士通社製の カラーイメージスキャナ ScanSnap S1300 を使用する際の画面です。
ScanSnap Manager の設定で取り込み画質の設定などが行えます。

スキャナの使用方法等についてはメーカーのサイトなどを参照願います。