スキャナを用いてJPGやPDFデータを作る際、読み取り解像度は 200dpi〜300dpi をお勧めします。
読み取りの解像度を上げると、大きく拡大しても表示がぼけないなどの恩恵がありますが、1ページごとのデータが大きくなり、処理に時間がかかってしまいます。
iPhoneやiPod touch の性能にも限界がありますので、画質とのバランスをとってファイルを作成してください。

画像は富士通社製の カラーイメージスキャナ ScanSnap S1300 を使用する際のものです。
ScanSnap Manager の設定で取り込み画質の設定などが行えます。

スキャナの使用方法等についてはメーカーのサイトなどを参照願います。